サンタクルス島（Santa Cruz）／ ◎衛星地図をみる
ガラパゴス諸島最大の町プエルト・アヨラ。クルーズ拠点の町で観光案内所もある。「チャールズ・ダーウィン研究所」はここから徒歩で約２０分（約１km）。
研究所内ではロンサムジョージ（推定年齢１００歳）をはじめ、各島のゾウガメの繁殖にも勤めている。
●主に見られる動物：ガラパゴスゾウガメ、イグアナ、フィンチ等
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ノースセイモア島（North Seymour）／ ◎衛星地図をみる
サンタクルス島の北にある小さな島。赤茶けた石がごろごろしており、枯れ木のようなホーリースティックがいたるところに生えているなんとも奇妙な光景。
●主に見られる動物：アカメカモメ、アオアシカツオドリ、リクイグアナ、グンカンドリ等。ここにはサボテンを食べるゾウガメがいないため、サボテンの背丈も非常に低い。
（ゾウガメがたくさんいるイサベラ島とは対照的）
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エスパニョーラ島（Espanola）／ ◎衛星地図をみる
ガラパゴス諸島内では最南端に位置し、一番古い島といわれている。海鳥の種類が豊富で「海鳥の楽園」とも言われている。ウミイグアナは諸島内でもっとも色艶やかな種類が見られる。ガラパゴスアホウドリは繁殖期(４月〜１２月頃)の時期のみこの島で見られる。
●主に見られる動物：ガラパゴスウミイグアナ、アホウドリ（繁殖期のみ）、アカメカモメ、溶岩トカゲ、 ガラパゴスノスリ、ガラパゴスオオグンカンドリ、アシカ等
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フロレアーナ島（Floreana）／ ◎衛星地図をみる
ブッシュを通り抜けたところに塩水のラグーンがあり、フラミンゴが観察できる。植物類は数多く林を通リ抜けた反対岸には美しい白砂のビーチが広がります。
●主に見られる動物達：フラミンゴ、アシカ
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イサベラ島（Isabela）／ ◎衛星地図をみる（北部・南部）
イサベラ島はガラパゴス諸島内で一番大きな島で、６つの火山を持ち、その麓にはゾウガメが多く生息している。
●主に見られる動物：ガラパゴスペンギン、コバネウ、アオアシカツオドリ、ペリカンなどの鳥類等
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フェルナンディーナ島（Fernandina）／ ◎衛星地図をみる
ガラパゴス諸島で一番西に位置する島で、ガラパゴスコバネウ（飛べない鵜）とガラパゴスペンギンが手厚く保護されており、諸島内で一番数多く見ることができる。また、諸島内で一番大きな種類が生息するウミイグアナの群生する姿を見ることができる。
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サンチャゴ島（Santiago）／ ◎衛星地図をみる
海岸では急速に冷えて固まった黒い溶岩が波に浸食されて形作られた自然の模様が見られる。
●主に見られる動物：ガラパゴスオットセイ、ペリカン、ウミイグアナ、ガラパゴスアシカ、ダーウィンフィンチ、ガラパゴスシラガゴイ、ミヤコドリ等。
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